製品&サービス Amber概要

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって生体分子のために開発された、 モデリングおよび分子力学と動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。 溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。 また、NMRリファインメントを実行したり、解析ツールを用いて動力学計算のトラジェクトリー解析を行ったりできます。 Amberは独自の有用性の高いパラメーターを持ち、近年このプログラムを用いた論文が多数報告されています。

Amberは、AmberとAmberToolsから構成されており、これらを組み合わせて使います。

<主なプログラム>
sander: 分子動力学計算を行うメインプログラムです。NMRのNOE測定から得られる距離拘束、ねじれ角拘束、化学シフトとNOESY強度などから得られるペナルティ関数を基にしたNMR構造の精密化が可能です。

pmemd: sanderの計算速度を大幅に改良したものです。並列化効率も大きく向上しています。
Xeon PhiやGPUがサポートされています。

LeaP, parmed: 基本的なモデルを構築し、動力学計算用の座標及びトポロジー入力ファイルを作成する機能を持ちます。簡単な分子エディターを内蔵し、新しい残基を作成・操作できます。

NAB: 分子構造を操作する事に特化したプログラムを書くための言語環境です。分子力場計算やDistance Geometryを基としたモデリングを行えます。

antechamber: 一般有機分子の力場パラメーターセットの作成プロセスを自動化します。通常、PDB形式の構造ファイルから始めて、LEaPで読み込めるファイルを作成します。出力されるパラメーターは、タンパク質や核酸用のものと同時に使用できるようにデザインされていますので、それらを組み合わせたシミュレーションが可能になります。

MCPB: 金属中心を含む力場を作成するために利用します。

cpptraj, pytraj: MDトラジェクトリーを解析し、様々な計算を行えます。基準構造からのRMS偏差の計算、水素結合の解析、時間相関関数、動径分布解析など多数の解析が行えます。

mm_pbsa.py: MDトラジェクトリーの後処理を自動化するスクリプトで、連続体溶媒モデルでのエネルギー解析を行えます。エネルギーを別々の残基からのエネルギー断片に分解したり、コンフォメーション間の自由エネルギー差を見積れたりします。

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