GaussView 6では、GMMX追加モジュールを用いて配座探索を実行することが可能です。 以下の探索方法のうちの一つまたは両方を用いた探索を設定することができます:
- Cartesian探索では、分子内の各重原子をX,Y,Z方向それぞれに任意の距離だけ動かします。 これは、配座空間中の極小構造を探索するのに適した方法です。
- Bonds法では、選択した結合それぞれについてある任意の角度だけ回転させます。 この手法では通常分子の配座が大きく変わりますので、極小構造間を移動させるのに適した方法です。
- 環構造では、StillによるRingmaker法がBonds法に含まれています。 この手法では、環の結合を一箇所切断し、残りの結合について回転させた後、 切断した箇所を再度結合させて環を閉じます。 閉じた環の結合長または結合角が不適切であれば、その配座は除かれ、新しい試行構造を作ります。 この方法では、8員環以上のフレキシブルな環の探索において有効に機能します。 縮環や二重結合を含む環のように、柔軟性が制限されている環構造ではうまく機能しないので、 この場合、環の探索は含めないでください。 このような系にはCartesian探索のみとするのが有効です。
GMMXが完了すると、見出された全ての配座がリストに表示され、単一の分子グループとして開きます。 配座全体のエネルギー値のプロットを表示することもできます。
