Gaussianジョブのルートセクションは、行の最初の空白以外の文字として「#」記号から始めます。 記号の後は、自由形式で記述します。ほとんどのジョブでは、すべての設定情報を最初の行に収められますが、入り切らない場合は次行以降（「#」で始める必要はありません）に記述することも可能です。 ルートセクションを終了させるには、最後に空行を入れる必要があります。

ルートセクションにキーワードが何も記述されていない場合、計算はデフォルトの

HF/STO-3G SP

で実行されます。

別の記述形式

#N

通常の出力レベル（デフォルト）

#P

追加情報を出力します。 各リンクの最初と最後に種々のマシン依存情報（実行時間データを含む）を出力したり、SCFの収束情報を出力します。

#T

簡潔な出力：必要不可欠な情報と結果に絞って出力します。