CONFLEX マニュアル

CONFLEXクイックスタート・ガイド

CONFLEXは、コマンドラインあるいはInterfaceプログラムから実行できます。
ここでは、CONFLEX Interfaceからの実行について流れを説明します。

コマンドラインからの実行については、チュートリアルをお読みください。

CONFLEX Interfaceの起動

まず、CONFLEX Interfaceを起動します。

macOS
アプリケーションにあるCONFLEXフォルダーを開き、CONFLEXアイコンをダブルクリックします。
Windows
スタートメニューからCONFLEX→CONFLEXを選択するか、デスクトップにあるCONFLEXアイコンをダブルクリックします。
Linux
/usr/local/conflex/CONFLEX

を実行することで起動します。

初期画面は、プラットフォームや設定によって変わります。

TopLevel mode
macOS (TopLevelモード)
Docked mode
Windows, Linux (Dockedモード)

各ウィンドウを別々に表示する「TopLevel Mode」と、一つにまとめて表示する「Docked Mode」のいずれかを選択することができます。
変更する場合は、CONFLEXメニュー（macOS）あるいはEditメニュー（Windows, Linux）のPrefrences...を選択し、いずれかのモードをクリックして、Interfaceを終了後再度起動してください。

Preferences...->Mode

CONFLEX Interfaceを起動した後、分子ファイルの表示から計算実行、および出力ファイルの表示までの一連の操作を、以下の計算内容ごとにまとめます。これらの操作を、一度お試しください。さらに詳しい内容は、CONFLEX Interfaceのマニュアルやチュートリアルをご覧ください。

  • 分子構造最適化
  • 配座探索
  • cifファイルを用いた結晶構造最適化
  • 結晶構造探索

分子構造最適化

ここでは、CONFLEXのインストール場所の 

CONFLEX/Sample_Files/CONFLEX/conformation_search

フォルダ内の「C17H34.mol」ファイルを例として説明します。

このファイルをご自身のホームディレクトリー以下の適当な場所にコピーして作業を行なってください。

  1. 「File」メニューから「Open」をクリックし、ご自身のディレクトリーへコピーした「C17H34.mol」ファイルを開きます。
    2. Optimize 1
  2. 「Calculation」メニューから「CONFLEX」を選択し、 CONFLEX Settingsダイアログを表示させます。
    3. Optimize 2
  3. CONFLEX Settingsダイアログの「Calculation Type:」が「Geometry Optimization」となっていることを確認し、「Submit」をクリックします。分子構造最適化ジョブが実行されます。
    4. Optimize 3
  4. ジョブが実行されると「Job Manager」が表示されます。「State」が「Finished」（ジョブ終了）となっていることを確認し、赤枠部分をダブルクリックします。
    5. Optimize 4-1

    ダブルクリックによって起動する分子ウィンドウには、最適化後の構造が表示されます。

    Optimize 4-2
  5. optフォルダーには、「C17H34.mol」の他に4つのファイル
    • C17H34.bsf
    • C17H34.bso
    • C17H34.ini
    • C17H34-F.mol

    が含まれています。

    6. Optimize 5