CONFLEX Tutorials

はじめに

CONFLEXは、柔らかい自由度のある有機分子の配座探索のみならず配座分布を考慮した基準振動解析、熱力学的諸量、紫外・可視光吸収スペクトル、円二色性スペクトル、およびNMRカップリング定数を計算により予測するプログラムです。また、結晶構造の最適化や予測計算なども行うことができます。
ここでは、CONFLEXの各種機能について、既存の有機分子を実際に計算することで解説しています。

目次

  1. 実行方法
  2. 構造最適化と振動解析
  3. AMBER力場による計算
  4. 力場パラメーターのカスタマイズ
  5. 配座探索
  6. 配座のクラスタリング：類似した異性体構造の分類
  7. ホスト−リガンド配位探索：安定な分子間配位構造の探索
  8. 結晶構造の最適化
  9. 結晶構造の探索
  10. 結晶構造のクラスタリング
  11. 結晶表面解析
  12. 溶媒和自由エネルギーの計算
  13. 水/オクタノール分配係数の計算
  14. NMR結合定数の計算
  15. CD/UVスペクトル解析
  16. アミノ酸残基置換機能
  17. 動的反応座標（Dynamic Reaction Coordinate,DRC）法による動力学計算
  18. 量子化学計算プログラムGaussianを用いた配座探索の実行