はじめに
この度は、CONFLEX DOCKをご購入いただきまして、誠にありがとうございます。
CONFLEX_DOCKは、基質となるタンパク質に対して、指定したペプチド鎖がどこに配位し複合体を形成するかを予測するドッキングシミュレーションプログラムです。
予測する際には、タンパク質のアミノ酸残基を代表点（Cα原子）で粗視化し、ドロネー分割により四面体を構築します。そして、タンパク質表面に設定した探索点にペプチドの残基を置き、四体粗視化ポテンシャルを元にスコアを評価します。
【文献引用】
CONFLEX DOCKで得られた計算結果を論文等に掲載する場合は、以下の文献を引用してください。
T. Yamamoto, Y. Ikabata, H. Goto, “Reconstruction of Four-Body Statistical Pseudopotential for Protein-Peptide Docking”, J. Comput. Chem., Jpn.-Int. Ed., 2024, 10, 2023-0039.
T. Yamamoto, Y. Ikabata, H. Goto, “Reconstruction of Four-Body Statistical Pseudopotential for Protein-Peptide Docking”, J. Comput. Chem., Jpn.-Int. Ed., 2024, 10, 2023-0039.
実行方法
【コマンドラインからの計算実行とオプション】
ここでは、CONFLEX DOCKをコマンドから実行する場合の入力方法を示します。
まず、Windows, macOS, Linuxそれぞれの実行ファイルとライセンス・パラメーターファイルが入っているフォルダーは、それぞれ以下の通りとします。
| OS | 実行ファイル | ライセンス・パラメーター |
|---|---|---|
| Windows | C:\CONFLEX\bin | C:\CONFLEX\par |
| macOS | /Applications/CONFLEX/bin | /Applications/CONFLEX/par |
| Linux | /usr/local/conflex/bin | /usr/local/conflex/par |
コマンドで計算を実行する場合は、実行ファイル、ライセンス・パラメーターファイルのフォルダー、および入出力ファイルをそれぞれ以下のように一行で記して実行します。カッコ内に示したオプションは、指定しなくても計算を実行します。
Windows:
C:\CONFLEX\bin\conflex_dock-1a.exe -par C:\CONFLEX¥par
(-omp 並列数) -ipro タンパク質ファイル名 -ipep ペプチドファイル名または配列
(-ini 設定ファイル名 -olog ログファイル名 -opdb 出力PDBファイル名 -omol2 出力mol2ファイル名 -odir 出力フォルダー名)enter
macOS:
/Applications/CONFLEX/bin/conflex_dock-1a.exe -par /Applications/CONFLEX/par
(-omp 並列数) -ipro タンパク質ファイル名 -ipep ペプチドファイル名または配列
(-ini 設定ファイル名 -olog ログファイル名 -opdb 出力PDBファイル名 -omol2 出力mol2ファイル名 -odir 出力フォルダー名)enter
Linux:
/usr/local/conflex/bin/conflex_dock-1a.exe -par /usr/local/conflex/par
(-omp 並列数) -ipro タンパク質ファイル名 -ipep ペプチドファイル名または配列
(-ini 設定ファイル名 -olog ログファイル名 -opdb 出力PDBファイル名 -omol2 出力mol2ファイル名 -odir 出力フォルダー名)enter
それぞれの引数による設定内容は、以下のとおりです。
| コマンドライン引数 | 説明 |
|---|---|
| -par |
ライセンスファイルおよびスコアファイルが入っているディレクトリーを指定する。 指定が無い場合は、カレントディレクトリーが設定される。 |
| -omp 数値 | 並列計算のスレッド数を指定する。 |
| -ipro ファイル名 |
タンパク質のPDBファイルを指定する。 指定が無い場合は、計算を停止する。 |
|
-ipep ファイル名 -ipep ペプチド配列 |
ペプチドのPDBファイルか配列（一文字または三文字表記）を指定する。 指定が無い場合は、計算を停止する。 |
| -ini ファイル名 |
計算設定ファイルを指定する。 指定が無い場合は、全ての計算条件がデフォルトで実行される。 |
| -olog ファイル名 |
logファイル名を設定する。 指定が無い場合は、-iproで指定したファイル名と、-ipepで指定したファイル名または配列を組み合わせたファイル名が設定される。 |
| -opdb ファイル名 |
ドッキング結果（クラスタリング）を出力するPDBファイル名を設定する。 指定が無い場合は、-iproで指定したファイル名と、-ipepで指定したファイル名または配列を組み合わせたファイル名が設定される。 |
| -omol2 ファイル名 |
ドッキング結果（ポーズ別）を出力するmol2ファイル名を設定する。 指定が無い場合は、-iproで指定したファイル名と、-ipepで指定したファイル名または配列を組み合わせて、ファイル名が設定される。 |
| -odir ディレクトリー名 |
csvファイル等を出力するディレクトリー名を設定する。 指定が無い場合は、-iproで指定したファイル名と、-ipepで指定したファイル名または配列を組み合わせたディレクトリー名が設定される。 |
例
例として、macOS環境で、タンパク質のファイルをprotein.pdb、ペプチドのファイルをpeptide.pdbとして
/Applications/CONFLEX/bin/conflex_dock-1a.exe -par /Applications/CONFLEX/par -ipro protein.pdb -ipep peptide.pdbと実行した場合、以下のようなファイルとフォルダーが出力されます。
protein_peptide/ protein_peptide.log protein_peptide.mol2 protein_peptide.pdb