CONFLEX DOCKキーワードオプション

CONFLEX DOCKを利用してドッキングシミュレーションを行うためには、あらかじめ初期設定ファイル（.ini）を用意してそこに必要なキーワードを入力する必要があります。
Interfaceから計算を実行する場合は、Interface上で指定したオプションに従って「.ini」ファイルが自動的に作成されます。

コマンドラインから実行する場合は、「.ini」ファイルをテキストエディター等で作成します。

キーワード	オプション	説明
probe_rad=	ff.ff	探索点の設置に使用するプローブ球半径を設定する。 デフォルト：2.15Å
root=	ff.ff	探索点に残基を置きスコアを評価した後，木構造の根として採用し探索を進める点の割合（例えば0.10の場合10%）を指定する。 デフォルト：0.05
branch=	n	探索を進めるノードを、スコアの高い順からn個選択する。 デフォルト：1
gtgdrmsd=	true, false	Geometric center To Geometric center Distance(GTGD)とRoot Mean Square Deviation (RMSD)の出力を制御する。 ペプチド鎖をPDBファイルで指定した場合のみ有効となる。 デフォルト：true
clustpose=	n	クラスタリングで考慮するスコア上位の予測構造数を指定する。 デフォルト：10000
clustdist=	ff.ff	クラスタリングの指標となる、2つの構造のGTGDの閾値を指定する。 デフォルト：3.0Å