周期境界条件（Periodic Boundary Conditions, PBC）

チュートリアル１：
エチレンを利用したtrans-ポリアセチレンの組み立て（１次元PBC）

1-1　　ツールバーの「New」ボタン横の三角をクリックし「Create Molecule Group」を選択します。新しい分子ビューウィンドウが開きます。

1-3　分子ビューウィンドウの中でクリックし、エチレン分子を描画します。

1-4　ツールバーの「Center」ボタンをクリックして、分子をビューウィンドウの中央へ持って来ます。

1-8　このダイアログの「Symmetry」タブ内で、「Lattice Dimensions:」ドロップダウンリストから「One」を選択してください。

1-10　PBCダイアログの「Cell」タブで、「Vertex:」を「O(0)」から「a (1)」に変更してください。これにより、マウスを使用してセルの「a」点を分子ビューウィンドウで指定できます。分子ビューウィンドウで、７番の原子をクリックしてください。

1-11　PBCダイアログの「Cell」タブで、「Trim Contents」ドロップダウンリストから「Delete All Atoms Outside Cell」を選択してください。

1-12　PBCダイアログの「Cell」タブで、「Center Contents」ボタンをクリックしてください。

1-13　以上で、trans-ポリアセチレンの１次元PBCモデルの基本単位胞を設定できました。

1-14　PBCダイアログの「View」タブで、「Cell Replication」の「a」の値を「２」とする事で、２つのセルを「a」軸に沿って表示させます。デフォルトでは、複製されたセルは「Low」レイヤー形式で表示されます。

1-15　PBCダイアログの「View」タブで、「Replicate Contents Display」ドロップダウンリストから「Normal」を選択し、複製されたセルを基本セルと同じ表示形式にします。

1-16　PBCダイアログの「Contents」タブで、「Bonds」ポップアップメニューから「Rebond Intercell」を選択し、近接したセルの原子との間の結合を作成します。

1-17　構造に含まれるCC結合距離は、どちらも実験に比べると長くなっています。まず、セル内の１番と３番原子間距離を修正します。ツールバーの「Modify Bond」ボタンをクリックし、同じセル内の１番と３番原子をクリックします。「Semichem Smartslide」ダイアログが表示されますので、結合距離を1.54から1.44に修正し「OK」ボタンを押します。

1-18　次に、セル間の１番と３番原子の距離を修正します。ツールバーの「Modify Bond」ボタンをクリックして、３番原子をクリックして隣り合ったセルの１番原子をクリックします。「Semichem Smartslide」ダイアログが表示されますので、結合距離を1.38253から1.36に修正し「OK」ボタンを押します。

1-19　PBCダイアログの「Contents」タブで、「Bonds」ポップアップメニューから「Rebond All」を選択し、近接したセル間およびセル内の結合を更新します。

1-20　PBCダイアログの「View」タブで、「Cell Replication」の「Combine」ボタンをクリックします。これにより、基本セルと複製されたセルが統合され、基本単位胞より２倍大きな「スーパーセル」となります。原子の番号が変わっています。また、表示されているセルの数が、自動的に１に減らされています。