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周期境界条件（Periodic Boundary Conditions, PBC）
チュートリアル４：
空間群対称性を利用したダイヤモンド結晶の面心立方単位格子の組み立て
（３次元PBC）
4-1 ツールバーの「New」ボタン横の三角をクリックし「Create Molecule Group」を選択します。新しい分子ビューウィンドウが開きます。
4-2 「Edit」メニューから「PBC」を選択し、ダイアログを表示させます。
4-3 このダイアログの「Symmetry」タブ内で、「Lattice Dimensions:」ドロップダウンリストから「Three」を選択してください。
4-4 「PBC」ダイアログの「Symmetry」タブで、「Enable Space Group Symmetry」チェックボックスにチェックを入れ、「Constrain to Space Group」ドロップダウンリストから「227 [F d -3 m:1]」を選択してください。
4-5 「PBC」ダイアログの「Contents」タブをクリックして、表示される「Atom List」エディターで炭素原子を分率座標（0, 0, 0）に追加します。まず、「Symbol」カラムで「C」を選択してから欄外をクリックします。カーソルが「Symbol」セルに無いのを確認して、「Add」ボタンをクリックします。
4-6 「PBC」ダイアログの「Cell」タブをクリックして、「Cell Changes」ドロップダウンリストから「Fix Contents' Fractional Coordinates」を選択します。そして、「Cell Lengths」の「a」入力フィールドの値を４から実験値の3.56に変更します。ここでは「Cell Changes」オプションを設定しましたので、セルの全ての長さが3.56に変更され、空間群対称性は保持されます。
4-7 「PBC」ダイアログの「Contents」タブをクリックして、「Bonds」ポップアップメニューから「Rebond All」を選択してください。それから、「View」タブをクリックして「Replicate Contents Display」ドロップダウンリストから「Dull」を選択してください。
4-8 以上で、ダイヤモンド結晶の３次元PBCモデルの面心立方基本単位胞を設定できました。
4-9 「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックして、「Show All Boundary Atoms」チェックボックスをチェックし、セルの境界上および内部全ての原子を表示させます。
4-10 「PBC」ダイアログの「View」タブで、「Cell Replication」の「a」「b」「c」の値をそれぞれ「２」とする事で、２つのセルを各軸に沿って表示させます。そして、「Replicate Contents Display」ドロップダウンリストから「Low Layer」を選択します。
4-11 「PBC」ダイアログの「Symmetry」タブをクリックして、「Enable Space Group Symmetry」チェックボックスのチェックを外します。
4-12 「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックして、「Cell Replication」の「Combine」ボタンをクリックします。これにより、基本セルと複製されたセルが統合され、基本単位胞より８倍大きな「スーパーセル」となります。原子の番号が変わっています。また、表示されているセルの数が、混乱を避けるため自動的に１に減らされています。
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