周期境界条件（Periodic Boundary Conditions, PBC）

チュートリアル５：

ダイヤモンド結晶の基本単位胞の面心立方単位格子への変換
（３次元PBC）

5-1　まず、PBCチュートリアル３の3-1〜3-18までを行ってください。

5-2　「Edit」メニューから「PBC」を選択し、ダイアログを表示させます。

5-3　「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックしてから、「Replicate Contents Display」ドロップダウンリストから「Dull」を選択します。

5-4　「PBC」ダイアログの「View」タブで、「Show All Boundary Atoms」チェックボックスをチェックします。

5-5　「PBC」ダイアログの「View」タブで、「Cell Replication」の各ボックスの値をそれぞれ（1 1 1 0 0 1）として、「-c」軸に複製を一つ表示させます。

5-6　「PBC」ダイアログの「Cell」タブをクリックしてから、「Cell Changes」ドロップダウンリストから「Fix Contents' Cartesian Coordinates」を選択し、「Add/Remove Atoms」チェックボックスをチェックします。そして、「Place」ボタンを押してから「a (1,0,0)」を選択します。これにより、マウスを使用してセルの「a」格子ベクトルの先端を分子ビューウィンドウで指定できます。分子ビューウィンドウで、(1, 1, -1)に有る原子をクリックします。

5-7　「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックしてから、「Cell Replication」の各ボックスの値をそれぞれ（1, 2, 1, 1, 0, 0）として、複製セルを「-c」軸側の表示を消し「-a」軸側に１つと「+b」軸側に２つ表示させます。

5-8「PBC」ダイアログの「Cell」タブをクリックし、「Place」ボタンを押してから「b (0,1,0）」を選択します。これにより、マウスを使用してセルの「b」格子ベクトルの先端を分子ビューウィンドウで指定できます。分子ビューウィンドウで、(-1, 2, 0)に有る原子をクリックします。

5-9　「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックしてから、「Cell Replication」の各ボックスの値をそれぞれ（1, 1, 2, 0, 1, 0）として、複製セルを「+a」軸側に１つ「-b」軸側に１つ「+c」軸側に２つ表示させます。

5-10　「PBC」ダイアログの「Cell」タブをクリックし、「Place」ボタンを押してから「c (0,0,1)」を選択します。これにより、マウスを使用してセルの「c」格子ベクトルの先端を分子ビューウィンドウで指定できます。分子ビューウィンドウで、(0, -1, 2)に有る原子をクリックします。

5-11　「PBC」ダイアログの「View」タブをクリックしてから、「Cell Replication」の各ボックスの値をそれぞれ（1, 1, 1, 0, 0, 0）として、基準セルだけ表示させます。

5-12　「PBC」ダイアログの「View」タブで、「Show All Boundary Atoms」のチェックを外します。

5-13　以上で、ダイヤモンドの面心立方単位格子が作成できました。結晶構造は、最初の基本単位胞と同じになっています。