CONFLEX マニュアル

CONSTR_BOND=

CONSTR_DIST=

I-J間(結合している必要は無い)距離に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。

STA:初期値(単位はÅ)

TER:終値(単位はÅ)

STP:刻み幅(単位はÅ)

FK:力の定数(デフォルト値は10,000 (kcal・mol^-1・Å^-2)

I-J-K角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。

STA:初期値(単位はdeg)

TER:終値(単位はdeg)

STP:刻み幅(単位はdeg)

FK:力の定数(デフォルト値は 10,000 (kcal・mol^-1・rad^-2)

I-J-K-L二面角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。

STA:初期値(単位はdeg)

TER:終値(単位はdeg)

STP:刻み幅(単位はdeg)

FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol^-1・rad^-2)

I-J-K平面とL番目の原子により定義される面外角(結合している必要は無い)に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。

STA:初期値(単位はdeg)

TER:終値(単位はdeg)

STP:刻み幅(単位はdeg)

FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol^-1・rad^-2)

5員環の位相角に制限を加えて段階的に変化させた、制限付き最適化を実行する。

STA:初期値(単位はdeg)

TER:終値(単位はdeg)

STP:刻み幅(単位はdeg)

FK:力の定数(デフォルト値は1,000 (kcal・mol^-1・rad^-2)

構造最適化を行う前にStochastic Kick法により構造に摂動を与える。

乱数のシード値はデフォルトで“123456789”。

Stochastic Kick法で使用するベクトルの大きさはデフォルトで0.01 Åである。

係数“f”を指定することにより、ベクトルの最大値が0.01*f Åに設定される。

DRC計算に用いる振動モードの番号を一つ指定する。

デフォルト：1

DRC計算の時間刻み幅(単位はps)を指定する。

デフォルト：0.0002

DRC計算の終了時間(単位はps)を指定する。

デフォルト：4/(ν_i*c)(ν_iは選択した振動モードのうち振動数が最も低いモードの振動数、cは光速)

DRC計算中の温度(°C)を設定する。

デフォルト：25.0

振幅のスケーリングファクター値を設定する。

設定しない場合は、選択した振動モードの振動数の和と運動エネルギーの和から算出する。

各振動モードに対して位相角(単位は°)の設定を行う。

デフォルト：-90

座標データを何ステップ毎に出力するかを指定する。

デフォルト：100

ON

OFF

外部プログラムを呼び出す前に、分子力場で構造最適化を行うかどうかを指定する。

デフォルト：ON

EXT_GAU_SCRDIR=

※Windowsのみ

出力ファイルと中間ファイルを保存する場所を指定する。

デフォルト： %GAUSS_EXEDIR%¥Scratch

シェルスクリプトやジョブスケジューラーで実行したい場合の、実行コマンドを設定する。ジョブスケジューラーのコマンドを設定する場合は、インタラクティブに実行するオプションを必ず加える。

設定例:

Univa Grid Engine:“qsub -sync yes”

Platform LSF:“bsub -K <”

(N,G,X,Y,Z)

-guestオプションで指定した分子を、ホスト分子に対して、指定した座標に配置する。

N：何番目のゲスト分子か(-guestオプションを指定した順番)
G：配置の基準点(COM=重心 / CENTROID=中心 / 数字=ゲスト分子内の原子の通し番号)
X,Y,Z：配置先の座標

例1：

実行コマンド：
conflex.exe -host host.mol -guest guest1.mol -guest guest2.mol

キーワード：
GUEST=(1,COM,0.0,0.0,0.0)
GUEST=(2,CENTROID,10.0,0.0,0.0)

1番目に指定したguest1.molは重心が(0.0,0.0,0.0)に、
2番目に指定したguest2.molは中心が(10.0,0.0,0.0)に配置する。

例2：

実行コマンド：
conflex.exe -host host.mol -guest guest1.mol

キーワード：
GUEST=(1,1,0.0,0.0,0.0)
GUEST=(1,2,2.0,0.0,0.0)
GUEST=(1,3,0.0,2.0,0.0)

guest1.molの原子1,2,3がそれぞれ指定した座標に一致するように、 重ね合わせ処理を行い配置される。

(N,G,A,B,DIST)

-guestオプションで指定した分子を、ホスト分子内の2原子が作るベクトル方向に、指定距離だけ離して配置する。

N：何番目のゲスト分子か(-guestオプションを指定した順番)
G：配置の基準点(COM=重心 / CENTROID=中心 / 数字=ゲスト分子内の原子の通し番号)
A,B：方向ベクトルの始点・終点となる、ホスト分子内の原子の通し番号(原子Aから原子Bへ向かう方向)
DIST：移動距離。正の場合は原子Bが、負の場合は原子Aが移動の起点となる。(単位：Å)

例1：

実行コマンド：
conflex.exe -host host.mol -guest guest1.mol

キーワード：
GUEST_ALONG_VECTOR=(1,CENTROID,1,2,5.0)

guest1.molの中心を、ホスト分子の原子1→原子2方向のベクトル上、 原子2から5Å離れた位置に配置する。

(N,G,A,B,C,DIST,O)

-guestオプションで指定した分子を、ホスト分子内の3原子が作る平面の法線方向に、指定距離だけ離して配置する。

N：何番目のゲスト分子か(-guestオプションを指定した順番)
G：配置の基準点(COM=重心 / CENTROID=中心 / 数字=ゲスト分子内の原子の通し番号)
A,B,C：平面を定義する、ホスト分子内の原子の通し番号
DIST：平面からの移動距離(単位：Å)
O：移動の起点となる、平面上の位置(CENTROID=原子A,B,Cが作る平面の中心 / 数字=原子A,B,Cのいずれかの通し番号)

例1：

実行コマンド：
conflex.exe -host host.mol -guest guest1.mol

キーワード：
GUEST_PLANE_NORMAL=(1,CENTROID,1,2,3,5.0,CENTROID)

guest1.molの中心を、ホスト分子の原子1,2,3が作る平面の法線方向に、 平面の中心から5Å離れた位置に配置する。

結合している原子が両方とも原子価を満たしていない場合、結合次数を補正する（PDBファイルを除く）。

TIME=

例:TIME=10.00D

ジョブを実行する際の全CPU時間をf.ff秒(デフォルト)に制限する。

T=f.ffD、T=f.ffH、またはT=f.ffMとすることで、計算時間をそれぞれf.ff日、f.ff時間、f.ff分に指定することができる。

このTIMEキーワードを指定しない場合は、制限時間はデフォルトで3日(=259,200秒)に設定される。

CONCHK

HYBRID

DEFINE

CLASSALL

CLASS[0-8]

CLASSPPP

SYMM

EVAL

OPT

SCFMO

ALL

PRINT=

NOPRINT=

INPUT

MODE

LATEST

PARAM

SYMM

NEGEIG

SCFMO