ダイアログ

Molecule Boxダイアログ

開いているファイルのリストが表示されます。
表示されている分子ファイル名にマウスカーソルを合わせ数秒待つと、ファイルのフルパスが表示されます。
PDBファイルを開いた場合、ファイル中に「TER」行で区切られた複数の分子が含まれている場合、それらがリスト表示されます。
ツールバーアイコンは、それぞれメニューの項目に対応しています（後述）。
二段目に表示されているプログレスバーは、大きなファイルの読み込みや分子軌道の作成など、長い処理の際に使用されます。

Property Boxダイアログ

開いているファイルのプロパティが表示されます。
開いたファイル種類によって、表示は変わります。図は、振動の表示例です。結晶探索結果のファイルの場合、ヘッダーをクリックすることにより、ソート可能です。

Object inspectorダイアログ

開かれている分子ファイルの情報が表示されています。分子ウィンドウの選択状態に従って、ファイルや原子・結晶の情報を表示します。
図は、原子をクリックした時のものです。

Summary Listダイアログ

計算結果のファイルを開いた際に、計算概要などを表示するダイアログです。
例えば、CONFLEX配座解析後の場合は、配座リストを一覧表示します。

図の配座リストは、エネルギーの低い順に並んでいます。

Conformer No.: 配座探索中に、見いだされた順番です。
Steric Energy: 分子力場による立体エネルギー。
Relative Energy: 最安定配座のエネルギーを0.0とした時の、相対エネルギー。
Distribution: 配座立体エネルギーからのボルツマン分布での、存在確率。
Used Initial Structure: CONFLEX配座解析の出発構造として使用したかどうかの表示。「Search Limit」の範囲内が全て「Yes」となったら、探索終了。

結晶構造最適化後のbsoファイルを開くと、結晶に関する情報が表示されます。

Crystal Editorダイアログ

結晶構造表示画面に、結晶面をミラー指数h, k, lで指定して表示させることができます(右図)。「+」アイコンをクリックすると、ミラー指数ダイアログが開き、各指数および面の表示色を指定して追加できます。「ー」アイコンをクリックすると、選択した面を削除できます。

IR Plotterダイアログ

分子ファイル内に振動データが含まれている場合、それをスペクトルとして表示します。スペクトルの拡大したい部分をマウスでドラッグして囲むと、拡大表示できます。ダイアログ右上のルーペアイコンをクリックすると、ズームを元に戻したり、再ズームしたりする事も可能です。ズームイン、ズームアウトの比率は、ユーザーがそれまでに行った拡大・縮小の履歴に従って設定されます。

また、スペクトルのピークをクリックすると、その場所を示す吹き出しが表示されます。吹き出しには、ピークの波数と強度が表示されます。吹き出しは、マウスでドラッグ&ドロップすることにより移動できます。吹き出しの右上の「×」をクリックすると、吹き出しを閉じることができます。

「Spectrum:」ドロップダウンから、表示するスペクトルを選択できます。また、「Half Width:」ボックスでピークの半値幅を指定できます。半値幅は、スペクトルのピーク形状を決定するパラメーターです。

対応フォーマット：: CONFLEX BSO, Gaussian FChkおよびGAMESS/Firefly計算のログファイル

UV/Vis Plotterダイアログ

分子ファイル内に電子励起データが含まれている場合、それをスペクトルとして表示します。
IR Plotterと同様な操作で、ズームイン&アウトが可能です。

UV CD Plotterダイアログ

分子ファイル(*.bso)内にUV CDデータが含まれている場合、それをスペクトルとして表示します。 CDスペクトルに加えて、UVスペクトルも上下に並べて表示されます。青い縦線は、上下のスペクトルを比較するための基準線として表示しています。この線は、マウスカーソルに追随して移動します。他と同様に、スペクトルの拡大・縮小操作も可能です。

NMR Plotterダイアログ

CONFLEXで行ったNMR ³J_HHカップリング定数計算の結果を表示します。分子ファイルが保存されたフォルダー内にNMRデータが含まれているファイルが保存されている場合、自動的に読み込まれます。プロッターウィンドウにはプロトンNMRのピーク形状が、分子画面で選択されている水素原子に対して表示されます。目的の水素原子を、分子ウィンドウ内でマウスを用いクリックして選択してください。
スペクトルの上部に、カップリングパターンがJ値と共に表示されます。カップリングパターンは、選択された水素原子の周囲の水素原子との相互作用を示しています。ダイアログ上部の「Tree」をクリックすると、カップリングパターンのツリー構造が表示をON/Offできます。また「J」をクリックすると、J値の表示をON/Offできます。他と同様に、スペクトルの拡大・縮小操作が可能です。