CONFLEXは鎖状部分の結合の回転、環を構成する原子のFlap・Flipにより、初期構造を変形させます。 この微少変形により発生する複数の出発構造を順番に計算していたのですが、Parallel CONFLEXでは複数のCPU/coreに分散させて構造最適化を行います。そして、その結果より得られた最適化構造を集計し、配座チェックを行います。

Parallel CONFLEX algorithm

・並列化の意義 ポストゲノム研究、 有機分子性結晶などで扱う系は非常にサイズが大きい場合が多くCPU/core 単体で手軽に探索計算を行うことはできません。特に分子性結晶構造探索の場合、様々な結晶構造の結晶多形の構造最適化を行う必要があります。これらの立体構造を分子計算で解析する皆様のために、Parallel CONFLEXは研究時間短縮に効果を発揮します。

Parallel CONFLEX Graph
Crystal Nonane

・ 3-aza-bicyclo(3.3.1)nonane-2,4-dioneの結晶構造探索
この分子では、11,664個の候補結晶多形構造を発生させ、それぞれ構造最適化することにより、512個のユニークな結晶多形が見つかりました。その実行時間はグラフのようになり、Workersの個数を増やすと、実行時間は効率よく短縮されます。

CONFLEXは豊橋技術科学大学の後藤仁志准教授により開発が開始された配座創出プログラムです。
参考文献：J. Am. Chem. Soc., 1989, 111, 8950-8951.
J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 1993, 187-198
S. Obata, H. Goto, AIP Conf. Proc. 1649, 130-134, 2015.