初心者向けの内容から、応用編、ご研究のテーマに合わせてカスタマイズした講習会も承っております。1人1台のPCを使いながら実習形式で行ったり講義形式でも対応しております。
一般向けの今年度の開催日はこちらですが、個別にも対応しておりますので、ご希望の際はお知らせ下さい。
日程・時間・講習内容を相談させていただきます。

CONFLEX講習会例

  • 配座探索とスペクトル計算
    • CONFLEX配座探索アルゴリズム
    • UV/CDスペクトル
    • NMR結合定数
    • ファイルの説明
  • CONFLEX Interfaceの基本操作
    • 計算の実行
    • 結果の解析
  • 分子性結晶構造計算
    • 超微小球状結晶の構築とエネルギー
    • 結晶構造探索の手順
    • ファイルの説明
CONFLEX Crystal

Gaussian講習会例

  • Gaussian概要
    • 開発の系譜、Gaussianで出来ること
    • 使用可能な計算手法と基底関数
  • GaussViewの操作
    • 分子構造の構築
    • 構造パラメーターの操作
  • ファイルの構成と計算実行
    • 入出力ファイルと中間ファイル
    • 実行コマンド
  • 量子化学計算の概要
    • Hartree-Fock法、SCF計算
    • 基底関数の数と計算量
    • エネルギー計算と分子軌道・電荷分布
  • 構造最適化
    • 構造最適化
    • 遷移状態構造の探索
  • 振動数計算
    • IR・ラマンスペクトル
    • 振動数と極小・遷移構造の判定
Gaussian講習会・応用編例
  • 化学反応の解析
  • 励起状態計算
  • ONIOM法
Gaussian Reaction Gaussian Orbital

Amber講習会例

  • トポロジーおよび座標ファイルの作成
    • アラニン・ジペプチド系の構築
    • Amberのprmtopとinpcrd入力ファイルの保存
  • PMEMDの入力ファイルの作成
    • 構造最適化の設定入力
    • 昇温の設定入力
    • プロダクション行程の入力
  • PMEMDの実行
    • 構造最適化の実行
    • 昇温・動力学計算の実行
    • プロダクション動力学計算の実行
  • 動力学計算の結果の解析
    • プロダクション動力学系の性質
    • Cpptrajを利用したRMSDの解析

Amber講習会・応用編例

  • GFPタンパク質のシミュレーション
    非標準型のアミノ酸残基を含み、パラメーターを新規にアサインする例
    • PDBファイルをサーバーよりダウンロード
    • PDBファイルをAmber用に修正
    • 特殊残基の部分電荷の計算
    • 特殊残基の原子タイプの決定
    • 特殊残基ライブラリーの作成
    • 不足している力場パラメーターの調整
    • GFP系全体のトポロジーおよび座標ファイルの作成
GFP