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ゲスト分子の挿入

CONFLEXでは、ホスト分子に対してゲスト分子を挿入することができます。 ゲスト分子の挿入位置は、座標を直接指定する方法、ベクトルと距離を指定する方法、 平面と距離を指定する方法の3種類があります。挿入位置を指定しない場合、プログラムが自動的にゲスト分子の挿入位置を決定します。 対応ファイルフォーマットは、MOL形式とMOL2形式です。ここでは、アニリン分子（aniline.mol）と水分子（water.mol）を例に、ゲスト分子の挿入方法を紹介します。 各ファイルは、CONFLEXのインストールフォルダ内のSample_Filesフォルダにあります(Sample_Files\CONFLEX\insert.guest.molecules)。

aniline.molファイル

aniline                                                                         
                                                                                
                                                                                
 14 14  0     0               999 V2000
   -0.0000    1.2016    0.2324 C   0  0  0  0  0     
   -0.0000    1.2044   -1.1652 C   0  0  0  0  0     
   -0.0000   -0.0000   -1.8646 C   0  0  0  0  0     
   -0.0000   -1.2044   -1.1652 C   0  0  0  0  0     
   -0.0000   -1.2016    0.2324 C   0  0  0  0  0     
   -0.0000    0.0000    0.9445 C   0  0  0  0  0     
    0.0000   -0.0000    2.3265 N   0  0  0  0  0     
    0.0000    2.1503    0.7616 H   0  0  0  0  0     
    0.0000    2.1475   -1.7049 H   0  0  0  0  0     
   -0.0000    0.0000   -2.9511 H   0  0  0  0  0     
    0.0000   -2.1475   -1.7049 H   0  0  0  0  0     
    0.0000   -2.1503    0.7616 H   0  0  0  0  0     
   -0.0000    0.8692    2.8408 H   0  0  0  0  0     
   -0.0000   -0.8692    2.8408 H   0  0  0  0  0     
  1  2  2  0     0
  6  1  1  0     0
  1  8  1  0     0
  2  3  1  0     0
  2  9  1  0     0
  3  4  2  0     0
  3 10  1  0     0
  4  5  1  0     0
  4 11  1  0     0
  5  6  2  0     0
  5 12  1  0     0
  6  7  1  0     0
  7 13  1  0     0
  7 14  1  0     0
M  END

water.molファイル

water                                                                           
                                                                                
                                                                                
  3  2  0     0               999 V2000
   -0.0000    0.7635    0.5299 H   0  0  0  0  0     
   -0.0000    0.0000   -0.0668 O   0  0  0  0  0     
    0.0000   -0.7635    0.5299 H   0  0  0  0  0     
  1  2  1  0     0
  2  3  1  0     0
M  END

【挿入方法】

[Interfaceから実行する場合]

aniline.molファイルをCONFLEX Interfaceを用いて開きます。

Interface Open

Calculation メニューから「CONFLEX」を選択し、開いた計算設定ダイアログのDetail Settingsをクリックします。
次に、詳細設定ダイアログの「General Settings」内にある「Insert Guest Molecules」のAddをクリックし、追加するゲスト分子のファイルを選択します。 複数のゲスト分子を追加する場合は、操作を繰り返してください。

General Settings

[コマンドラインから実行する場合]

ホスト分子を -host オプション、ゲスト分子を -guest オプションで指定してプログラムを実行します。複数のゲスト分子を追加する場合は、それぞれ -guest オプションで指定してください。 

C:\CONFLEX\bin\conflex-10b.exe   -par   C:\CONFLEX\par   -host   aniline.mol   -guest   water.molenter

上記は、Windowsの場合です。他OSにおける実行コマンドについては、本書の「実行方法」を参照してください。

挿入位置の指定方法は下記のとおりです。

【座標を指定して配置】

挿入するゲスト分子の位置を指定する方法として、座標を直接指定する方法があります。

ここでは、ホスト分子であるアニリンに対して、ゲスト分子である水の中心が 座標 (0.0, 5.0, 0.0) にくるように水分子を配置します（下図参照）。

Insert Guest Default

そのためには、下記のキーワードを用います。

GUEST=(1,CENTROID,0.0,5.0,0.0)

GUEST キーワードの各パラメーターの説明は下記の通りです。

値説明
1 1番目に指定したゲスト分子
CENTROID 配置の基準点として、ゲスト分子の中心を使う
0.0,5.0,0.0 配置先の座標

キーワードの詳細はマニュアルを参照してください。

Interface から実行する場合は、詳細設定ダイアログにあるEdit & Submitをクリックし、現れるダイアログにキーワードを追加します。 コマンドラインから実行する場合は、aniline.ini ファイルにキーワードを記述します。

【ベクトルと距離を指定して配置】

挿入するゲスト分子の位置を指定する方法として、ベクトルと距離を指定する方法があります。

ここでは、ホスト分子であるアニリンに対して、ゲスト分子である水の中心が、 ホスト分子の原子6から原子7へ向かうベクトルの方向に、原子7を起点として 5 Ang. 離れた位置にくるように、水分子を配置します（下図参照）。

Insert Guest Default

そのためには、下記のキーワードを用います。

GUEST_ALONG_VECTOR=(1,CENTROID,6,7,5.0)

GUEST_ALONG_VECTOR キーワードの各パラメーターの説明は下記の通りです。

値説明
1 1番目に指定したゲスト分子
CENTROID 配置の基準点として、ゲスト分子の中心を使う
6 方向ベクトルの始点となるホスト分子の原子の通し番号
7 方向ベクトルの終点となるホスト分子の原子の通し番号
5.0 終点（原子7）を起点として、ベクトル方向へ移動する距離

キーワードの詳細はマニュアルを参照してください。

Interface から実行する場合は、詳細設定ダイアログにあるEdit & Submitをクリックし、現れるダイアログにキーワードを追加します。 コマンドラインから実行する場合は、aniline.ini ファイルにキーワードを記述します。

【平面と距離を指定して配置】

挿入するゲスト分子の位置を指定する方法として、平面と距離を指定する方法があります。

ここでは、ホスト分子であるアニリンに対して、ゲスト分子である水の中心が、 ホスト分子の原子 1,3,5 が作る平面の中心を起点として、その法線方向に 5 Ang. 離れた位置にくるように、水分子を配置します（下図参照）。

Insert Guest Default

そのためには、下記のキーワードを用います。

GUEST_PLANE_NORMAL=(1,CENTROID,1,3,5,5.0,CENTROID)

GUEST_PLANE_NORMAL キーワードの各パラメーターの説明は下記の通りです。

値説明
1 1番目に指定したゲスト分子
CENTROID 配置の基準点として、ゲスト分子の中心を使う
1,3,5 ホスト分子側で平面を定義する3原子の通し番号
5.0 平面の法線方向への移動距離
CENTROID 移動の起点を、原子 1,3,5 が作る平面の中心とする

キーワードの詳細はマニュアルを参照してください。

Interface から実行する場合は、詳細設定ダイアログにあるEdit & Submitをクリックし、現れるダイアログにキーワードを追加します。 コマンドラインから実行する場合は、aniline.ini ファイルにキーワードを記述します。

【挿入位置を指定しない場合】

挿入位置を指定しない場合、ゲスト分子は、ホスト分子の中心を基準に +x, −x, +y, −y, +z, −z の順で各方向へ配置されます。最初のゲスト分子は +x 方向に配置されます（下図参照）。

Insert Guest Default