製品&サービス GaussView 日本語マニュアル

GaussView の基礎

GaussViewの主なインターフェイスは、複数のウィンドウおよび操作中に現れるダイアログから構成されます。図1は、ユーザーが分子を構築している様子を示しています。


図1 GaussViewの画面例

GaussViewの特徴のいくつかがここで見えます:左上から時計回りに見て行くと、まず操作の中心となるGaussViewコントロールウィンドウが表示されています。ここには、メニューバーと様々なツールバー・カレントフラグメントビューが含まれます。次に、分子に追加する官能基や個々の原子を選択するのに用いるパレットが表示されています。ユーザー設定により、他のパレットを開いたときでもパレットを出したままにしたり、あるいは他のパレットを開いたらすぐに閉じるようにすることができます。最後に、作成中の分子を表示しているアクティブビューウィンドウが表示されています。

GaussViewのインターフェイスは、以下の主だったコンポーネントで構成されます:

  • メニューバーとカレントフラグメントの表示を含んだコントロールパネル
  • 様々なツールバー。デフォルトではメニューバーの下に配置されますが、取り外すことも出来ます(図2)。ツールバーは、コントロールパネル内で再配置することも出来ます。
  • 1つないし複数の分子ビューウィンドウ
  • 様々なGaussViewの機能に対応するダイアログ
  • プログラムの機能をコントロールする環境設定ダイアログ

デフォルトでGaussViewのメニューバーの下に現れるツールバーを個別に図2に示します。「Builder」ツールバーは、ViewメニューからBuilderを選択することで、図の右にあるように表示させる事が出来ます。個々のツールバーのハンドルをつかんで領域外にドラッグすることで、メインツールバーから分離させることが出来ます。分離したツールバーを元のツールバーエリアに戻すには、メインツールバーのところまでドラッグするかバーそのものをダブルクリックします。


図2 個々のGaussViewツールバー群
右側のビルダーパレットは、View=>Builderメニューを選ぶことで現れます。

ツールバーの灰色の領域で右クリックすると、ツールバーコンテクストメニューが表示されます(図3)。最初のセクションには、ウィンドウ内で表示できるツールバーの名前がリストされています。リスト内のツールバー名の1つを選択することで、表示・非表示を切り替えることが出来ます。「Line Up」を選択すると、ツールバー間の隙間をつめてくれます。また「Default」オプションはツールバーヲデフォルトの配置に戻します(適用できる場合)。


図3 ツールバーコンテクストメニュー

分子、分子グループ、ビュー

GaussViewは、その時々で扱う多くの分子を体系づけるために、「分子」、「分子グループ」、「ビュー」という構成要素を用いています:

  • 分子」は、他の開いている分子から独立して操作している単一の分子であることがほとんどです。「分子」は一般的に、ディスク上に保存された単一のファイルと対応します。時々これらは、「モデル」とも呼びます。ここで言う「分子」は、2つ以上の化学種(すわなち通常の化学的な意味での“分子群”)を含むこともありますので注意してください。
  • 同じ分子に対して複数のウィンドウが開いていれば、これら異なるウィンドウ群を「ビュー」と呼びます。このように各ビューウィンドウに一つの分子を表示させ、それぞれの「ビュー」に同じ分子の異なる向きから見たものや異なる物性を表示させることが出来ます。
  • 分子グループ」は、一群として操作する1つあるいは複数の分子からなる集合体のことです。複数の分子を含む分子グループでは、ビューウィンドウを組み合わせたサブウィンドウの中に別々に表示されます(図4)。分子グループを「モデルグループ」とも呼びます。

複数の分子を含む分子グループでは、2通りの表示モードがあります。シングルビューモードでは1度に1分子を表示します。現在の分子の番号がツールバー中に現れます。

シングル/マルチビューアイコンをクリックすることで、複数の分子を同時に見ることが出来るマルチビューモードに切り替わります。分子は、フィルムの一片にあるフレームのように隣り合って並べられます。分子の番号は個々の分子フレームのすぐ下に白字で表示されます。現在アクティブな分子は他の分子と区別するため少し明るい背景で表示され、原子の選択やダイアログと関わります。アクティブな分子ウィンドウでない、別の分子ウィンドウをクリックすると、それがアクティブな分子になります。個別の分子全てがビューウィンドウ内に納まらない場合は、ビューウィンドウの下部にスクロールバーが表示され、異なる分子に表示を移動することが出来ます。

ビューウィンドウを水平方向に引き伸ばすと、一度に表示される分子がより多くなります。全ての分子が表示可能になった後もさらにユーザーがウィンドウを水平方向に引き伸ばし続けると、空白が表示されます。垂直方向にビューウィンドウを引き伸ばすと、それぞれの分子ウィンドウがビューウィンドウに合わせて垂直方向に引き伸ばされ、かつそれに対応して水平方向にも引き伸ばされます。したがって、垂直方向への伸縮は、個々の分子の相対的な大きさをコントロールするのに用いられます。


図4 7分子が入った分子グループ
ツールバー中のコントロールは分子グループ内に分子が複数あるときのみ表示。シングル/マルチプルビューアイコンで、シングルウィンドウ(左)とマルチ―ウィンドウ表示(右)を切り替え可能。

各ビューウィンドウのタイトルバーには、現在の分子グループ・分子・ビューが表示されています。各分子グループは、明確に区別できるよう色分けされたアイコンにより識別できます。図5に、2つの異なるビューウィンドウ(それぞれ異なる分子グループに対応)の色付けされたアイコンを示します。分子グループに関連する全てのダイアログも、元の分子グループと同じ色のアイコンを使用します(ViewメニューのAdd Viewにより新たに作成したビューも同様)。このアイコンの色は、Windowsメニュー内で分子グループを識別するのにも用いられます。


図5 2つの異なるビューでの色付きアイコン

左のアイコンは、1番目の分子グループにある4番目の分子の1番目のビューに対応します。右は、2番目の分子グループにある1番目の分子の2番目のビューです。このアイコンの同じ色が、この分子に関連する全てのダイアログに現れます。いくつかのOSでは、色付きアイコンはステータスバー内に置かれます。

色付きアイコンに加えて、各ビューウィンドウはグループ/分子/ビュー識別子により一意的に識別されます。この識別子は、分子グループ番号(G)、分子番号(M)、ビュー番号(V)から成ります。分子グループ内の各分子は、1番から順に番号付けされます。グループ内の1つの分子を消去すると、他の分子は連続した状態を保持するように再び番号付けされます。

分子を編集する機能に関するダイアログは、各分子に個別に対応することに注意してください。例えば、Atom List Editorが開いていてる時に、異なる分子のビューウィンドウをアクティブにしても、ダイアログの中身は変更されません。対応するビューウィンドウを確認するには、ダイアログのタイトルバーのラベルを見てください。

複数の分子を含む分子グループでは、特別なツールバーがタイトルバーのすぐ下に表示されます。緑のランボタンをクリックすると、グループ内の各分子を連続的に表示し、止めるまで全リストを循環して表示を続けます。これには動画のように、連続した分子をアニメーション化する効果があります。これは、反応経路プロットのような一連の関連構造をアニメーション化するのに特に便利です。緑のランボタンを押すと、アニメーションを止めるための赤いストップボタンに切り替わります。

アニメーションのスピードは、ユーザーが調節できます。個別のビューウィンドウに対して、「Display Format」 ダイアログの「Molecule」タブ内で動画の遅延時間を変更することが出来ます。デフォルトの遅延時間は「Display Format」環境設定内で設定されています。

分子ウィンドウ内を右クリックすることで、コンテクストメニューが現れます。コンテクストメニューの内容は、「Builder」、メニューバー、そしてツールバーの大部分と同じものです。これは、ユーザーの利便性を上げるものとして提供されています。


図6 ビューウィンドウコンテクストメニュー
コンテクストメニュー上の各オプションから、関連する事項を含むサブメニューが表示されます。

マウスの使用方法

分子への対話的な操作は、3ボタンマウスの動きに則って設計されています。マウスボタンの機能を以下の表に記載します:

マウスボタン
動作 機能
3ボタン 1、2ボタン相当
クリック アイテムの選択あるいは挿入
    Shiftークリック 現在の選択への追加(選択モードのみ)
    左/右ドラッグ Y軸回りの回転
    上/下ドラッグ X軸回りの回転
中央 Shiftー左 ドラッグ 分子の平行移動
Ctrlー左 左/右ドラッグ Z軸回りの回転
    上/下ドラッグ 拡大縮小
    何も無い領域のクリック コンテクストメニューの表示
    原子上でShiftークリック 「Atom List Editor」中の対応する原子を強調表示

これらのマウス操作はあらゆる分子表示(GaussViewダイアログ内のものも含めて)に対して有効です。

マウス操作を1つのフラグメントに限定

2つのフラグメントがお互いに結合していない(スクリーン上に見える化学結合でつながっていない)場合、Altまたはoptionキーを押しながらマウス操作することで、これらを個別に操作することが出来ます。この操作は、カーソルに近いほうのフラグメントに作用します。したがって、Alt-Shiftキーを押しながら操作すれば、片方のフラグメントのみ平行移動する事が可能です。

GaussViewのメニュー

GaussViewには以下に示すメニューがあります。それぞれの用途を示します:

  • File:構造と動画ファイルの新規作成、既存のファイルを開く、印刷、保存、GaussViewの環境設定
  • Edit:分子の構築と設定
  • View:分子表示の管理と操作
  • CalculateGaussian計算の設定および投入と、GaussViewから開始したジョブ状況の閲覧
  • Results:表面、スペクトル、様々なプロット、動画の表示などによる、計算結果の分析
  • Windows:種々のGaussViewウィンドウの管理
  • HelpGaussViewGaussianのヘルプファイル、GaussView Tipsの閲覧

アイコンとメニューアイテムの一覧表

以下の表に、利用可能なアイコンとメニュー事項をそれらが持つ機能と共に一覧で示します。大抵の事項は、このマニュアルの後の節でより詳細に説明します。なおMacOSXでは、ショートカットキー欄にある「Ctrl」キーはコマンドキーに変わることに注意してください。

 
 アイコン ボタン名
 メニューの選択手順
 機能
ショートカット
new New
File=>New
新規分子を作成(以下のサブメニュー選択を通じて)
 
 

File=>New=>
Create Molecule Group

新規(1メンバー)分子グループを空のビューウィンドウとして作成

Ctrl-N
 
File=>New=>
Add to Molecule Group
現在の分子グループに新しい分子を追加
Ctrl-Shift-N
open Open
File=>Open
GaussViewでサポートされているファイルを開く

Ctrl-O

 
File=>Recent Files
最近開いたファイルへの再アクセスを容易にするためのリスト
 
 
File=>Related Files
現在選択されている分子に関連するファイルのリスト(入力ファイル、出力ファイル、checkpointファイル、など)
 
 
File=>Refresh
アクティブなビューウィンドウに対応するファイルの再読み込み
 
save Save
File=>Save
アクティブな分子グループ内にある分子をファイルに保存

Ctrl-S

 
File=>Save Temp Files
Gaussian Quick Launchのジョブに関連する全ての一時ファイルを保存
 
print Print
File=>Print
アクティブなビューウィンドウの内容を印刷

Ctrl-P

capture Save Image
File=>Save Image File
現在のビューウィンドウのグラフィックファイルを作成
 
movie Save Movie
File=>Save Movie
動画ファイルや動画フレームファイルを保存
 
prefs Preferences
File=>Preferences
GaussViewの各動作のデフォルトを設定
 
 
File=>Exit
全てのGaussviewウィンドウを閉じアプリケーションを終了
 
undo Undo
Edit=>Undo
一つ前の編集操作を無効にし操作をリストに保持
Ctrl-Z
redo Redo
Edit=>Redo
一つ「Undo」操作を無効にする

Ctrl-Y

cut Cut
Edit=>Cut
現在選択しているモデルを切り取りクリップボードに移動

Ctrl-X

copy Copy
Edit=>Copy
現在選択しているものをクリップボードにコピー

Ctrl-C

paste Paste
Edit=>Paste

クリップボードの内容を現在のモデルにコピー(以下のサブメニュー選択を通じて)

 
 
Edit=>Paste=>
Add to Molecule Group

クリップボード上の分子を新しいモデルとして現在のモデルグループ中に追加

 
 
Edit=>Paste=>
Replace Molecule
現在の分子をクリップボード上の分子に置き換え
 
 
Edit=>Paste=>
Append Molecule
現在のモデルにクリップボード上の分子を別のフラグメントとして追加
 
delmol Delete Molecule
Edit=>Delete Molecule
現在選択しているモデルを削除
Ctrl-Del
atomlist Atom List Editor
Edit=>Atom List

分子の座標/パラメータの数値を編集

 
redcoord Redundant Coordinates Editor
Edit=>
Redundant Coordinates

Gaussian ModRedundantオプション用の冗長内部座標を指定

 
conned Connection Editor

Edit=>Connection

2つの関連する分子構造中の対応する原子を指定(例として、QST2あるいはQST3用の入力)

 
layers Select Layer
Edit=>Select Layer

ONIOM計算に用いるレイヤーに、原子をグラフィカルに割り当て

 
 

Edit=>Point Group

現在のモデルに対称性を指定し適用
 
pbc Crystal Editor
Edit=>PBC
周期構造用の単位セルの作成および修正
 
mo MO Editor
Edit=>MOs

分子軌道の占有数の表示、並べ替え、および修正

 
symmetrize Symmetrize
Edit=>Symmetrize
現在のモデルに点群対称性を適用
 
 
Edit=>Reorient

基準の分子配向に戻す

 
rebond Rebond
Edit=>Rebond

距離アルゴリズムに基づいて結合している原子を特定することで、結合原子を再計算

 
clean Clean
Edit=>Clean

より化学的直感に一致するように定義した規則によって、分子構造を調整

 
 
Edit=>Mirror Invert

分子を鏡像反転

 
addview Add View
View=>Add View

新しいビューウィンドウを独立して作成

 
center Center
View=>Center

分子をビューウィンドウの中央に置き、大きさを画面に合わせる

 
 
View=>Builder

分離したBuilder paletteを閉じるもしくは再び開く

 
  View=>Hydrogens ビューウィンドウ中の水素原子の表示を制御
 
 
View=>Dummies
ビューウィンドウ中のダミー原子の表示を制御
 
 
View=>Labels

選択すると、原子リスト内の連番を各原子上に表示

 
 
View=>Symbols

選択すると、ビューウィンドウ内の各原子上に元素記号を表示

 
 
View=>Bonds
ビューウィンドウ内の結合の表示を制御
 
 
View=>Synchronize

マウスによる操作が複数のビューで同時に起こるようにリンク

 
 
View=>Cartesian Axes

ビューウィンドウ内のX,Y,Z軸の表示を制御

 
 
View=>Stereochemistry
関連する原子にRあるいはSラベルを付けることで分子の立体化学を示す
 
  View=>Positioning Tools ビューウィンドウのツールバーにPositioning Toolsアイコンを表示
 
display Display Format Editor

View=>Display Format...

分子と表面の表示書式を指定
Ctrl-D
gcalc Calculation Setup

Calculate=>Gaussian Calculation Setup

現在のビューウィンドウ中の分子構造に対するGaussianの入力を設定し、任意にジョブを実行
Ctrl-G
gquick Quick Launch

Calculate=>Gaussian Quick Launch

セットアップダイアログを通さずに、現在の分子に対するGaussianジョブを実行
 
gscheme Scheme

Calculate=>Gaussian Calc. Scheme

Gaussianの計算スキームを定義または修正
 
jobs Current Jobs

Calculate=>Current Jobs

現在実行中の、GaussViewから開始したGaussianのジョブ(cubegenおよびfreqchkを含む)を表示
Ctrl-J
 

Results=>Summary

計算結果を含むファイルを開いている場合、計算結果の要約データを提供

 
 
Results=>Charge

Gaussianに含まれる様々な方法で計算された部分電荷密度を表示

 
 

Results=>Surfaces/Contours

表面を作成、ロード、保存、および表示
 
 

Results=>Vibrations

基準振動モードの動画を含む、計算した振動スペクトルおよび他のスペクトルデータを表示

 
 
Results=>NMR
計算したNMRスペクトルを表示
 
 
Results=>UV-VIS
予測した紫外/可視光スペクトルを表示
 
 
Results=>Scan

ポテンシャルエネルギー曲面の走査点のプロットを表示

 
 
Results=>IRC/Path
予測したIRC経路のプロットを表示
 
 
Results=>Trajectory
ADMPあるいはBOMD計算で得られたトラジェクトリーのプロットを表示
 
 
Results=>Optimization

構造最適化計算結果のプロットを表示

 
viewfile View File
Results=>View File

選択されている分子のファイルを、テキストエディターで開く。現在の分子用として開いているGaussian入力ファイルも、修正を加えていなければ、表示可能。

 
stream Stream file
Results=>Stream File

現在実行中のGaussian計算の出力ファイルを、用意出来次第表示する

 
 
Windows=>Molecule Groups=>Show All
全てのモデルグループのウィンドウを表示
 
 

Windows=>Molecule Groups=>Show None

全てのモデルグループのウィンドウを隠す
 
 

Windows=>Molecule Groups=>名前

指定したモデルグループのウィンドウを表示しそれをカレントビューにする

 
 

Windows=>Minimize All

全てのビューウィンドウを最小化
 
 

Windows=>Restore

アクティブなビューウィンドウを最前面にする
 
 

Windows=>Restore All

最小化したビューウィンドウを全て開く
 
 
Windows=>Close

アクティブなビューウィンドウを閉じる

 
 

Windows=>Close All

開いている全てのビューウィンドウを閉じる
 
prev Previous
Windows=>Previous
一つ前のビューウィンドウを順にアクティブにする

PgUp

next Next
Windows=>Next
次のビューウィンドウを順にアクティブにする
PgDown
cascade Cascade
Windows=>Cascade

全てのビューウィンドウを重なった形に配置

 
tile Tile
Windows=>Tile

全てのビューウィンドウが見えるように大きさを変えて再配置

 
 
Windows=>Name

指定したビューウィンドウをアクティブにする

 
help Help

Help=>GaussView Help

GaussViewのヘルプファイルを開く
Ctrl-H
 

Help=>Gaussian Help

インターネット上のGaussianヘルプにアクセス
 
 

Help=>About GaussView

GaussViewの著作権およびバージョン情報を表示

 
 

Help=>GaussViewTips

GaussView Tipsを表示
 
element Elements
元素フラグメントの呼び出し
 
ring Rings
  
環構造フラグメントの呼び出し
 
group Functional Group
  

官能基フラグメントの呼び出し

 
amino Biological Fragments
  
アミノ酸・ヌクレオシド
フラグメントの呼び出し
 
mollib Custom Fragments
  
ユーザー定義フラグメントの呼び出し
  
bond Modify Bond
 

2原子を選択し、結合Smartslideダイアログにアクセス。結合タイプや原子間距離を調節

 
angle Modify Angle
 

3原子を選択し、結合角Smartslideダイアログにアクセス。結合角を調節

 
dihedral Modify Dihedral
 

4原子を選択し、2面角Smartslideダイアログにアクセス。2面角を調節

 
inquire Inquire Mode
 

現在の分子に対する構造データを測定

 
addh Add Valence
 

選択した原子に水素原子を追加

 
delatom Delete Atom
 

原子や開いた価電子(ダングリング半結合)を削除

 
invert Invert About Atom
 
選択した原子の立体化学を反転
 
fragplace Fragment Placement
 
フラグメントの配置を設定するパネルを開く
 

アクティブなモデルビューウィンドウ内のアイコン:

animate Animate   分子グループ内の全てのモデルを連続して表示  
stopani Stop Animation  

アニメーションの停止

 
view1 Single View   分子グループ内の1つのモデルのみを表示  
viewn Multi View  

分子グループ内のモデル全てを表示

 

5つの「Fragment」パレットウィンドウのアイコン:

tacked Tacked   明示的に閉じるまでパレットを開いたままにする  
notack Untacked   他のパレットを開いたらパレットを閉じる  

様々な座標編集ダイアログでのアイコン:

zmat Z-matriz Coordinates   Z-matrix座標を表示  
cc Cartesian Coordinates  

デカルト座標を表示

 
Fractional Coordinates   周期系の分率座標を表示  
oniom ONIOM Layers  

ONIOM層の割り当てと関連するデータの表示

 
mm MM Parameters  

分子力学の原子タイプとその他のデータの表示

 
pdb PDB info  

PDBファイルから読み込んだ残基と鎖の割り当てを表示

 
up Sort Ascending
      Move Up
 

Atom List Editor: データを昇順にソートする
Redundant Coordinate Editor:
データをリスト内で一段上げる

 
down Sort Descending
      Move Down
 

Atom List Editor: データを降順にソートする
Redundant Coordinate Editor:
データをリスト内で一段下げる

 
addcoord Create New Coordinate   Redundant Coordinate Editorにおいて新規冗長座標を追加  
sublist Add Selected  

選択した項目をリストに追加

 
sublist2 Add All  

全ての項目をリストに追加

 
sublist3 Remove Selected  

選択した項目をリストから削除

 
sublist4 Remove All   全ての項目をリストから削除  

その他のアイコン::

browse Browse  

OSの選択機能を使ってファイル/ディレクトリーを選択

 

GaussView環境設定

多くのGaussViewの機能のデフォルト設定を環境設定によりカスタマイズできます。環境設定ダイアログは、File=>Preferencesを選択すると表示されます。

  • Building: フラグメント配置オプション「Fragment Placement Options」の3つのセット(Default、Old、Custom)全てに対する、詳細なデフォルト設定
  • Charge Distribution: 原子電荷および双極子モーメントの表示を設定
  • Clean Controls: 構造の整形機能に対するパラメーターと制御情報を設定
  • Colors: GaussViewの表示の様々な色使いをカスタマイズ
  • Desktop(Windows版のみ):GaussianおよびGaussViewに関係するファイルの拡張子の関連付けを定義
  • Display Format: ビューウィンドウでの表示様式を設定
  • File/Directory: GaussViewの様々な操作で使用するディレクトリーの位置を設定
  • Gaussian Setup: Gaussianの計算セットアップダイアログを設定
  • Icons: ユーザーインターフェイス内でのデフォルトのアイコンサイズを設定
  • Image: 画像を取得する際の設定
  • Job Setup: Gaussianや他の関連ジョブに対する実行手順を定義
  • Movie: GaussViewで動画を作成する際の設定
  • Print: 印刷する画像に対する設定
  • Vibrations: 振動の表示を設定
  • Window Behavior: ダイアログの動作を設定

全ての環境設定ダイアログにはいくつかのボタンが含まれています:Ok(現在の設定を保存して終了)、Cancel(保存していない変更を破棄して終了)、DefaultGaussViewインストール時の設定に戻す)、そしてHelp(オンラインヘルプを表示)です。ここでDefaultボタンを押すと、図7に示すダイアログが現れます。


図7 デフォルト環境設定への回復

環境設定で「Default」ボタンをクリックすると、このダイアログが表示され、全ての環境設定をデフォルトに復元するかもしくは現在表示されているダイアログに関してのみを戻すかの、いずれかを選択することが出来ます。

ここでは、これら環境設定のうち2つを取り上げて説明します。他の設定は、このマニュアルの別の場所で関連する機能と一緒に説明します。

GaussViewウィンドウの動作とデフォルトのアイコンの大きさを指定

「Window Behavior」環境設定は、様々なGaussViewウィンドウがどのように振舞うかをコントロールします(図8)。


図8 「Window Behavior」環境設定
これらの設定により、ウィンドウを最上位に置くことや、起動時に空のウィンドウを自動的に作成するかどうかを指定することが可能です。

「Icons」環境設定では、様々なGaussViewウィンドウでのアイコンの大きさを指定することが可能です(図9)。


図9 アイコンの大きさのカスタマイズ
様々なGaussViewウィンドウ内のアイコンを、より大きなものに変更することが出来ます。

ダイアログ内のボタンにより、メニュー、ツールバーおよび単体のBuilder paletteにあるアイコンを制御できます。デフォルトでは、最初の2つが小さいアイコンで、3番目が大きいアイコンです。

GaussViewのTips表示

メニューからHelp=>GaussView Tipsと選択すると、プログラムを有効に使うための様々なヒントを表示したGaussView Tipsウィンドウが開きます。ウィンドウの最下部にあるチェックボックスを用いて、GaussViewが起動するたびにヒントを表示させるようにすることが出来ます(デフォルトではチェックされています)。


図9 GaussView Tips
GaussViewを起動するたびにヒントを見るには「Show tips at startup」にチェックを入れます。

 


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